“Next Generation Sequencing, ofwel NGS, is de verzamelnaam voor methoden waarmee in een keer grote hoeveelheden DNA geïdentificeerd kunnen worden van verschillende organismen. Deze meta-genomische benadering is zeer geschikt voor producenten of handelaren die de samenstelling van een product precies willen vaststellen met een niet-gerichte analyse. Ook lenen NGS-methoden zich goed voor bederftests over tijd. Voor het analyseren welke en in welke hoeveelheid microben en schimmels na een bepaalde tijd op een product aanwezig zijn.”
Amplicon based sequencing
“De NGS-methoden worden grofweg verdeeld in zogeheten amplicon based sequencing en shotgun based sequencing. In de voedingsmiddelenindustrie maakt men vooral gebruik van de eerste. Met amplicon based sequencing zoek je namelijk gericht naar bepaalde groepen organismen, zoals vis, planten of bacteriën. Met shotgun bases sequencing worden álle aanwezige stoffen onderzocht, wat kan leiden tot onnauwkeurige resultaten."
Authenticiteit
“Een van de voornaamste doeleinden waarvoor niet-gerichte NGS-onderzoeken worden ingezet is, zoals gezegd, het exact identificeren van alle ingrediënten van een samengesteld product. Dat is bijvoorbeeld belangrijk voor het vaststellen van de authenticiteit van alle bestanddelen van een specerijmengsels: is de vermelde oregano inderdaad oregano of is deze vervangen door het goedkopere kruid marjolein (majoraan)?”
Zelfs in pure specerijen zijn altijd andere stoffen aanwezig dan op het etiket staat vermeld”
Honderd procent?
“Zelfs in pure specerijen kunnen andere of meer stoffen aanwezig zijn dan op het etiket staat vermeld. 100% zwarte peper bijvoorbeeld, kan verontreinigd zijn met grasdeeltjes of blaadjes. Als u zeker wilt weten of, in dit geval, de peper die u wilt gebruiken veilig en geschikt is voor uw doeleinden, kunnen we dus met NGS analyseren wat er allemaal in zit."
Ook voor het analyseren van alle ingrediënten van een kant-en-klaarmaaltijd kan NGS worden ingezet. Met één test kunnen alle aanwezige bestanddelen worden gevonden. Niet alleen óf er bijvoorbeeld vis in een maaltijd zit, maar ook welke soort of soorten. En of er inderdaad echt geen ingrediënten van dierlijke oorsprong in een vegan maaltijd zitten.”
Bederftests
“De andere belangrijke toepassing van niet-gerichte, amplicon based NGS-analyses is te achterhalen welke bacteriën of schimmels na een bepaalde periode en onder diverse omstandigheden aanwezig zijn op een product. Dit soort bederftests over tijd zijn essentieel om de voedselveiligheid van producten te kunnen waarborgen. Ze worden bijvoorbeeld vaak toegepast om de kwaliteit op langere termijn van voedsel in blik te kunnen verzekeren.”
Farm to fork
“Maar, in het kader van farm-to-fork, ook agrariërs laten niet-gerichte NGS-analyses uitvoeren. Zij willen bijvoorbeeld weten of en hoe de samenstelling van de grond waar hun groenten of fruit op groeien hun producten beïnvloedt. Bovendien kunnen ingrediënten en producten door de hele keten heen getraceerd worden: is het rundvlees in deze maaltijd inderdaad afkomstig van een koe en van vermelde veehouderij?”
Niet meer weg te denken
“Niet alleen in producten, ook in de productieruimtes kunnen NGS-onderzoeken uitkomst bieden. Het is natuurlijk in veel gevallen essentieel om te weten welke micro-organismen, mogelijk pathogenen, in fabrieksruimtes aanwezig zijn.
Om het verhaal volledig te maken: je kunt NGS niet toepassen op producten als fruitsappen, tomatensaus of azijn. Het zuur in deze voedingsmiddelen tast het DNA van de ingrediënten te zeer aan om ze nog goed te kunnen testen met deze methode. Maar afgezien van deze uitzonderingen zijn niet-gerichte, amplicon based NGS-analyses een geweldige manier om de authenticiteit en het microbioom van de meeste producten te onderzoeken.”
Dit artikel is tot stand gekomen in samenwerking met Eurofins Food, Feed, Water Nederland/Benelux.
