Met behulp van WGS kunnen experts resistente genen in bacteriën identificeren in tegenstelling tot de huidige methoden. De fenotypering die nu in gebruik is, test bacteriën op resistentie tegen specifieke antibiotica.

 
Naast het efficiënt voorspellen van AMR, genereert WGS ook een grote hoeveelheid gegevens die kunnen bijdragen aan andere epidemiologische onderzoeken en analyses. Dit staat in het EFSA-rapport Technical specifications on harmonised monitoring of antimicrobial resistance in zoonotic and indicator bacteria from food-producing animals and food.

De EFSA onderzocht hoe de monitoring van AMR momenteel wordt uitgevoerd in de EU, rekening houdend met de nieuwste wetenschappelijke en technologische ontwikkelingen.

Zeevruchten

Het rapport van EFSA benadrukt ook de noodzaak om toezicht te houden op AMR in zeevruchten. Antibacteriële resistentie in zeevruchten is nog weinig over bekend. Dit hangt samen met de recente uitbreiding van de aquacultuurproductie en de toename van geïmporteerde producten naar de Europese Unie.

Experts benadrukken het belang van inzicht in hoe AMR zich uit en zich verspreidt in een voedselproductie en -verwerkingsomgeving – een gebied dat meer onderzoek vereist en waarop de EFSA binnenkort zal gaan werken.

One Health

In 2017 heeft de Europese Commissie het One Health-actieplan goedgekeurd. Het is gericht op het verminderen van de opkomst en verspreiding van AMR. Ook moet het nieuwe, effectieve antimicrobiële middelen beschikbaar maken binnen en buiten de EU.

In het kader van dit actieplan legt de Commissie zich erop toe om haar Uitvoeringsbesluit 2013/652/EU inzake monitoring en rapportage van AMR in levensmiddelen en dieren tegen 2021 te herzien.

Het rapport geeft dan ook aanbevelingen voor het nemen van monsters om AMR te controleren. Bovendien geeft het toezichtsmaatregelen voor antibioticaresistentie, die relevant zijn voor de volksgezondheid en die momenteel niet worden gemonitord.

Dit zal een betere detectie mogelijk maken van mogelijke nieuwe resistentiemechanismen. Toezichthouden is een cruciaal onderdeel van de reactie op AMR en is één van de prioriteiten van het EU-actieplan inzake AMR.