Moleculaire technieken bieden veel mogelijkheden voor kwaliteitsborging en proces- en productinnovatie in de voedingsmiddelenindustrie en komen tegemoet aan de bezwaren die gelden voor conventionele methoden. Met DNA-fingerprint-technieken als PCR-methoden, zijn besmettingsbronnen snel en specifiek te identificeren. Populatiefingerprinting is toe te passen om gegevens te verkregen over de samenstelling en ontwikkeling van microbiële populaties, bijvoorbeeld ter optimalisatie van fermentatieprocessen.